La capital guipuzcoana cuenta en la actualidad con cuatro centros que han sido reconocidos con los programas de excelencia del Ministerio de Ciencia e Innovación del Gobierno, Severo Ochoa y María de Maeztu.
En concreto, el Donostia International Physics Center (DIPC) y el Basque Center on Cognition, Brain and Language (BCBL) disponen de la primera distinción, es decir, son centros Severo Ochoa y nanoGUNE y biomaGUNE son Unidades de Excelencia María de Maeztu. Se trata, sin duda, de un dato muy significativo únicamente superado por Madrid y Barcelona, pero que refleja la apuesta de la ciudad por la Ciencia y la Innovación, ya que en el conjunto del Estado tan solo existen 29 centros Severo Ochoa y 20 de María de Maeztu y para todas las disciplinas del conocimiento.
Ambos distintivos, incluidos en el Subprograma de Fortalecimiento Institucional del Plan Estatal de Investigación Científica Técnica y de Innovación, tienen como objetivo financiar y acreditar los centros y unidades públicas de investigación en cualquier área científica, que demuestren impacto y liderazgo científico a nivel internacional y que colaboren activamente con su entorno social y empresarial.
En definitiva, los Centros de Excelencia Severo Ochoa y Unidades de Excelencia María de Maeztu son estructuras organizativas que cuentan con programas de investigación de frontera y altamente competitivos, y que se encuentran entre los mejores del mundo en sus respectivas áreas científicas. En el caso de los primeros los requerimientos son más exigentes que los segundos y también lo es, por lo tanto, la financiación asociada a cada uno de los programas: 1 millón de euros al año en el caso de los Centros Severo Ochoa y medio millón de euros al año en los de María de Maeztu.
Por último, cabe destacar que tanto el DIPC como el BCBL son centros de excelencia del Programa BERC ("Basque Excellence Research Center") del Departamento de Educación del Gobierno Vasco, mientras que nanoGUNE y biomaGUNE son CICs, Centros de Investigación Cooperativa del Departamento de Desarrollo Económico e Infraestructuras del Gobierno Vasco.